中國社會科學院考古研究所所長劉慶柱在談到大運河的保護時，認為“當務之急，應暫緩大規模的開發，制定一個科學的規劃。”
劉慶柱說，運河保護涉及的面廣，因為它包括了24個市、8個省，所以涵蓋的區域從北往南是北京、天津、河北、山東、江蘇、浙江；涉及了五條水系：最大的兩個長江、黃河；淮河、海河、錢塘江。這樣一個大範圍的古代工程怎麼保護？而這個地區又是我國的東部地區，是經濟發展最活躍、面臨建設規模最大的地區，如何在這樣一個地區保護好運河的文物古跡，而且能讓它更高一個層次。
劉慶柱認為，對大運河的保護，當前主要面臨的是做一個好的規劃，1700多公裡長的運河，如何保護它？如何利用它？保護的措施切入點在哪？比如山東濟寧以北的運河現在不使用了，怎麼不遺跡保護下來？比如山東以南的地區還在斷斷續續使用，使用的地方如何既保留原來的遺跡又能讓它發揮作用？在這方面要做很好的規劃，要想做一個好的規劃，前期的視察和適當開展考古的工作，保護古代和運河相關的遺址和遺跡的調查、勘探和發掘，獲取更多的科學資料。這是搞好保護工作的一個前提條件。
他說，還有一個當務之急，就是在沒弄清運河的具體的分布情況或者保護對像的前提下，大規模的開發要緩一緩，不然底細不清，需要保護的，還沒有保護的就已經開發掉了，以後想保護也保護不下來。比如我見到的一些遺跡，一些照片我也看過，現在去了已經找不到了。這就成了永遠的遺憾。因此，我想現在科學家要盡快的拿出了解保護對像的基本情況；有關部門盡早搞好規劃；政府部門加大保護力度；防止在城市現代化、農村城鎮化的過程中，運河被現代化吞噬了。
而針對大運河的整體保護規劃，劉慶柱認為前提是要對大運河的歷史、沿線的現狀有一個了解；大運河從公元前486多年開始到現在，一共有2400多年，這中間有一個變化，作為科學工作者要對這個變化有一個了解，要精心了解渠道過去和現在的情況，然後規劃部門和考古文物部門共同制定一個切實可行的，既有利於文物保護，又有利於發展生產、改善群眾生活的規劃。我想這個規劃是相當龐大的，不是哪一個盛一個市就能單獨做好的。當然我們有一個分工負責，可能中央要協調一下，至少中央主管部門，或者相關的主管部門配合，比如國家文物局和建設部、水電部，和相關的科研部門結合，組成一個班子，領導這樣一個規劃，再找一些相關方面的專家，作為規劃的具體設計人員，共同盡快的搞出這麼一個規劃，哪個地方可以干什麼？哪個地方不允許干什麼？哪個的地方先保護，有一個時間表，有一個具體的保護方法，這是當務之急，不可盲目地去弄，也不可拆東牆補西牆，因為運河時代不是一般的文物一樣，它的戰線那麼長，沿途涉及那麼多的地方，要盡快的首先搞出規劃來，現在國家經濟實力一年比一年強，現在我們搞和諧社會，和諧社會既要發展又要保護。不管是大的經濟背景、好的政策環境，都有利於大運河的保護。現在關鍵是趕快把規劃弄出來。要想弄好規劃，我剛才談到了就是政府要牽頭。關於保護、整治、發展的關系，我想保護是第一位的。不保護了，光整治、發展了，最後東西沒保護下來那就等於破壞了，如果不把保護作為前提進行發展和整治，實際上就不是保護規劃，是一個發展規劃了。只有把保護作為第一位的東西，在保護的前提下進行整治、發展，才能使大運河得以給子孫萬代延續下去。
他說，據我現在掌握的資料，我覺得現狀堪憂。具體來講，第一段是現在正在使用著的，從山東到浙江。這一段有些大運河正在使用，還有山東以北已經基本廢棄的。大運河繼續發揮作用是應該的，但是如何能夠保護好原來歷史上運河的遺跡，對現在來說至關重要的。比如原來的碼頭、水壩、水閘，有些地方由於運河的改造，原來運河相關的遺跡，已經不在運河了。如果不盡快保護好這些東西，作為歷史上的運河，已經不存在了，保留下來的可能是近代的運河。
像山東以北運河基本不再用的，更需要保護，不要變成房地產的市常尤其這個地區經濟比較發達，運河沿線廢棄的地方最後大量的土地被圈占。因此我覺得，現在一方面要加大保護力度，要控制開發力度。還要喚醒運河沿途的干部、群眾重視力度。最後一點我覺得也是最重要的，運河作為一個國家重要的文化遺產，我想是一個政府行為，它涉及又不是政府某個部門，既不是國家文物局一家能解決的，也不是建設部或者水電部他們能解決的。我想國務院需要通盤考慮這個問題，協調有關部委共同搞好運河的開發、利用、保護，而且關鍵是保護。在保護好的前提下進行利用，進行開發。不要因為開發和利用而放棄了保護，要擺正保護和利用的關系，也就是說保護是第一位的。
劉慶柱認為京杭大運河保護的關鍵是“一上一下”。他說，所謂一上一下，即上面涉及南北1700多公裡，涉及兩個直轄市四個省，涉及的部門既有建設部門又有水利部門，又有文物保護部門。因此對它的保護關鍵我覺得是一種政府行為。就是各級政府要重視保護，尤其中央政府，要通盤考慮這個問題，因為它是跨地區的。下面就是在運河沿途的或者運河沿線的干部、群眾加強對運河的重要性認識，因為它是一個民族文化的載體。一個國家、一個民族忘記歷史，就像一個人失去記憶一樣，一旦一個人沒有記憶了，就無法生活了，一個民族、一個國家沒有歷史了，或者把歷史丟掉了，也就在世界上很難存在下去了。從這個角度來說，不管是科學工作者、文化工作者、各級黨政部門都應該宣傳好大運河對我們民族、對我們國家重要的作用。也就是說，先進文化對於一個社會的重要作用，具體而言，就是大運河的保護問題上。現在我覺得不是大家不重視，而是大家對它的意義認識是不夠的。這不能光責怪群眾，我們也有責任，我們宣傳得不夠。包括我們搞科學研究的、包括搞文化宣傳的，甚至我們的媒體這都是義不容辭的責任，只有下面做好了宣傳，上面能夠有領導的重視，采取具體措施，我想這就是保護好大運河一上一下的關鍵。