京杭運河在唐以前稱為溝、渠、漕渠、運渠，宋代始有運河之稱，至元代漸成通稱。它由歷代分段開鑿，至元代始陸續完成。隋唐宋時的運河，是由湧濟渠、山陽瀆、孟瀆和永濟渠聯絡而成。
元代定都北京，為避免繞道，一是開鑿從山東東平至臨清的會通河，一是開鑿從通州到大都的通惠河，同時對山陽瀆、孟瀆加以疏浚。元朝這兩段運河與隋朝的運河相連接，從大都到淮南、南北要比隋代的運河縮短了500華裡。這就是今天的京杭運河。
元代運河大體上可分八段：大都至通州謂通惠河，通州至天津謂北運河，天津至臨清謂南運河，臨清至東平謂會通河，東平至江蘇邳縣謂中運河，淮陰至瓜州謂淮南運河，一名江北運河，原即隋煬帝所開山陽瀆故道，丹徒之京口至丹陽謂江南運河，丹陽至浙江省杭州謂浙江運河。至此可知，元代對於完成溝通我國五大水系的偉大工程的京杭運河，具有一定功績。
1135年金興起至1260年元世祖建立元朝行將統一全國這一時期，因為戰亂頻仍，一方面是南北漕運完全停廢，一方面則是水利失修，造成運道多處淤塞。當時淮安以北至山東東平一段，就因黃水侵淮，致使南旺、沛縣、邳縣三段淺涸。《中國圖書集成》1120卷741頁有一段關於山陽瀆興替的記載：“古山陽瀆也，隋開皇六年鑿……三國時以無運而塞，隋因開城而廣之，五代亦以不運而涸，周以平吳而浚之，元無以兵阻而廢。”可見元初山陽瀆因戰亂淤淺，漕運趨於敗落的狀況。
1279年元滅南宋全國統一形成後，元世祖即疏鑿運河，恢復漕運。因為當時東南漕糧由清口以至董口，須經黃河200余裡，風濤險惡，漕船時有傾覆。為保證大都糧食供應，特又開辟了海運航線。這條航線是從長江的劉家港出發，經黃河、渤海，直到直沽，轉往大都。通過海運的東南之粟，最多時，年達300多萬石，南北海道成為元朝運輸糧食的一條重要航線。對此，《古今圖書集成》、《中國水利史》第五章《運河》中亦有一節記述：“終元一代，始終以海運為主，河運為輔，海運量最多時年達三百多萬石，河運量不過數萬石。”
宋元交替之際，南北漕運停廢，山陽瀆北段一度壅塞淤淺。這一時期，是淮安水運處於低潮時期。元統一全國恢復漕運後，雖曾在淮安設立過漕運總督署，統管南方諸省漕運，但因其通過海運的很多，通過河運的甚少，所以淮安水運遠不如隋唐時的盛旺。
元代時，淮安南北漕運衰落，鹽運卻有所發展。
淮南沿海地區的煮鹽業，早在秦漢時代就已經興起。迨黃河奪淮入海後，範公堤以東沿海海岸線迅速向外伸展，堤東原有鹽場，到元代已是“海遠鹵淡漸不宜鹽”，產量下降。至元代中葉，為不影響鹽課收入，於是向淮北開發，淮北鹽場因之而興起，產量日增，逐漸取代了淮南鹽業，淮安鹽運也隨之興旺起來。當時淮安城北河下鎮最大的商業就是鹽業。蘇北沿海所產的食鹽統稱淮鹽，產量、質量均為全國之冠。淮北食鹽在坨地集中後大都通過鹽河轉入運河抵淮安，也有先陸運即由板浦車運至安東(今漣水)渡黃，經草灣對岸的鹽河運抵河下鎮，而後再分發轉運皖、豫及蘇南各地銷售，當時河下曾設有數十處鹽堆棧、經淮安年運銷正綱鹽達140余萬引(每引合200市斤)。對此，《淮安府志》卷曾記載：“淮安城北為淮北綱鹽屯集地，任鹽商者皆徽州、揚州高資巨戶，役使千夫。”其時，淮城與城北河下已成為北鹽南銷的“中轉站”，商賈輻輳，百貨山列，真可謂盛況空前。