世界各國的國旗五顏六色、多姿多彩，主要有紅、綠、藍、黃、紫、黑等色。國旗上不同的顏色既反映了不同的政治、經濟、文化、宗教和民族精神，也反映了不同的自然環境、人文特征。
在各種顏色中，紅色被用得最多。中、美、法、英、蘇、日等國旗上都有紅色。紅色大都像征先驅的鮮血，像征人民為國家獨立和民族解放而鬥爭的精神，以及像征國家的興旺發達。
白色代表冰雪，氣候寒冷。大部分地區被冰雪覆蓋的加拿大，其國旗由紅白紅三大塊組成，兩側的紅色分別代表溫暖的太平洋和大西洋，中間白色正方形上繪有一片紅色的楓葉(楓樹為加拿大國樹)，顯示加拿大人民生活在廣闊寒冷的土地上。
藍色代表海洋，絕大部分島國的國旗上都帶有藍色，最典型的有帕勞、密克羅尼西亞、斐濟等。澳大利亞盡管不是島國，由於周圍環海，國旗顏色以藍色為主。一些大陸國家常用藍色來表示自己的地理位置，如阿根廷、危地馬拉等國旗的上下或左右分別用兩條藍色的長方形來表示位於兩大洋之間的獨特環境。
綠色是生命的像征，非洲有80％的國家的國旗上有綠色，這與非洲有面積廣闊的熱帶森林、熱帶草原是分不開的。在南美洲，流經巴西的亞馬遜河是世界上最大的熱帶雨林地區，巴西的國旗的底色也是綠顏色。除此之外，一些以農業為經濟支柱的國家，其國旗上也有綠色。例如毛裡求斯、幾內亞比紹和塞舌爾等國。
黃色一般像征陽光、黃金、礦藏、資源和財富等。有些美洲國家國旗上的黃色表示處在金色的美洲中。
全世界有20多個國家的國旗上有黑色，絕大部分是用來表示黑色人種的，例如非洲的津巴布韋、烏干達等國是黑色人種的集中分布地區，在這些國家的國旗上都可以看到十分醒目的黑色。
有一些國家，國旗上的顏色或圖案直接體現了本民族的宗教特點及宗教信仰。綠色是伊斯蘭國家所喜愛的一種吉祥顏色，沙特阿拉伯國旗為一面長方形的綠色旗，利比亞、毛裡塔尼亞等國也是用綠色作為國旗底色。新月是穆斯林國家的像征，以示對伊斯蘭教的信仰，土耳其、巴基斯坦等國國旗上均有新月圖案。北歐諸國國旗上均有“十字圖案”，表明這些國家的人民都信仰耶穌。國旗中有輪子的圖案是佛教的像征，如印度。
另外，國旗還反映國家的行政區域及歷史發展，如英國國旗由深藍底色和紅的白“米”字組成。於是，一些英聯邦成員國如新西蘭、澳大利亞、斐濟、圖瓦盧等國國旗上均有英國國旗紅、白“米”字圖案，反映了這些國家的歷史發展特點。最初的美國國旗，紅白相間13道(紅7白6)像征著獨立戰爭並取得勝利的13個州，但白星的數目要隨時根據州的數目而變動，每增加一個州就增加一顆白星。到了1959年，夏威夷成為美國的第50個州，美國便在次年的國慶節時，掛出了有50顆星的國旗，這就是我們現在所看到的美國國旗。美國國旗成為世界上變化最多的國旗。
有的國旗還反映一個國家的位置。南半球的夜空中能很清楚地看見南十字星座，因此南半球很多國家的國旗上有南十字星座，如澳大利亞、新西蘭和巴西等國。
有些國家在國旗上以動、植物來標明本國的特點。如黎巴嫩的國旗中有一棵雪松，雪松是黎巴嫩的國樹。塞浦路斯的國旗上有兩條交叉的綠色橄欖枝，橄欖枝是和平的像征，在塞浦路斯隨處可見。烏干達國旗居中是一只皇冠鶴，皇冠鶴是烏干達的國鳥，津巴布韋國旗左方有一只津巴布韋鳥，它既是津巴布韋特有的標志，也是古老文化的像征。