雲南省地跨六大水系，具體說明如下：
太平洋水系：
1、長江水系：金沙江、瀘沽湖、螳螂川、滇池、小江等水系均屬長江水系。
2、珠江水系，發源於雲南曲靖，在雲南境內的一段稱作南盤江，最終流向廣東、香港、澳門等地。雲南段流域中有撫仙湖等高原湖泊。
3、元江（紅河）水系，發源於大理白族自治州境內，出境後經越南河內注入北部灣。
4、瀾滄江（湄公河）水系，發源於青海玉樹，經西藏流入雲南，出境後經老撾、柬埔寨、 泰國、越南注入南海。雲南段的流域內有著名的洱海。
印度洋水系：
5、怒江 (薩爾溫江)水系，發源於西藏流經雲南，出境後經緬甸注入印度洋東北部的安達曼海。
6、伊洛瓦底江流域，有數條微小的支流發源於德宏景頗族傣族自治州內（大盈江、瑞麗江等），發源不久後即出境進入緬甸。
湖泊
1、滇池曾被譽為“高原明珠”，是中國西南地區最大的湖泊。湖泊面積300平方公裡，流域面積2920平方公裡，平均水深4.4米，最深處為10米，蓄水量為12.9億立方米。平均水資源量5.7億立方米，屬水資源缺少地區，且年際變化大，存在連續豐水、連續枯水長周期變化的特點，1999年滇池草海水質大於ⅴ類，滇池外海水質大於ⅴ類。滇池流域包括昆明市五華、盤龍兩城區和官渡、西山、晉寧、呈貢、嵩明五個郊縣區的41個鄉鎮，1998年末流域總人口246.74萬人，人口密度是全市人口密度的2.8倍，是昆明市居民最密集、人為活動最頻繁、經濟最發達的地區，國內生產總值426.11億元。
2、洱海是我省第二大高原湖泊，湖泊面積250平方公裡，流域面積2565平方公裡，平均水深20.5米，蓄水量28.8億立方米，多年平均水資源量8.25億立方米，大小入湖河流117條，1999年洱海水質ⅱ類。洱海流域主要包括大理市和洱源縣18個鄉鎮，1998年末流域總人口約76萬人，國內生產總值約53.6億元。
3、撫仙湖是我國第二深水湖泊，是我省蓄水量最大的湖泊。湖泊面積212平方公裡，流域面積674.69平方公裡，最大水深157.3米，平均水深87.0米，蓄水量189.3億立方米，其中大的河道有27條，湖水經海口河流入南盤江，1999年撫仙湖水質ⅰ類。撫仙湖流域包括玉溪市的澄江、江川、華寧三縣七個鄉鎮，1998年末人口14.42萬人，國內生產總值9.85億元。
4、程海是一個內陸封閉型高原深水湖泊，沒有出流，流域面積318.3平方公裡，湖泊面積74.6平方公裡，平均水深25.7米，最大水深35米，蓄水量19.8億立方米。程海地處金沙江干熱地帶，湖面蒸發量大約是流域降水量的3倍，水量長期入不敷出，導致湖泊水位持續下降，直至1994年“引水補海”工程完工後，湖泊水位趨於穩定，1999年程海水質為ⅳ類。1998年末流域人口39456人，國內生產總產值7400萬元。
5、瀘沽湖位於雲南省西北部和四川省西南部的兩省交界處，是我國第三大深水湖泊。湖面面積50.1km2，其中雲南境內30.3km2。流域面積247.6平方公裡，雲南部分107平方公裡。最大水深93.5米，平均水深40.3米，蓄水量22.52億立方米，1999年瀘沽湖水質為ⅰ類。瀘沽湖雲南部分屬麗江地區寧蒗縣永寧鄉落水行政村，主要居住著摩梭人、彝族和普米族，1998年末人口2954人，國內生產總值500 萬元。
6、杞麓湖位於玉溪市通海縣,是一個封閉型高原湖泊，湖泊面積35.9平方公裡，流域面積354.2平方公裡，最大水深6.8米，平均水深4米，蓄水量1.7億立方米。主要入湖河流三條，洪水年湖水經湖東南面的岳家營落水洞岩溶裂隙泄洪至曲江。流域多年平均水資源量1.17億立方米，1999年杞麓湖水質為大於ⅴ類。1998年末流域總人口24萬人，國內生產總值為15.4億元。
7、星雲湖是撫仙湖的上游湖泊，通過2.2公裡的隔河與撫仙湖相聯。湖泊面積34.7平方公裡，流域面積386平方公裡，平均水深5.91米，最大水深9.5米，蓄水量1.84億立方米。大小入湖河流十四條，多年平均水資源量7684萬立方米。多年平均流入撫仙湖水量約2400萬立方米/年，1999年星雲湖水質為ⅳ類。星雲湖流域包括江川縣10個鄉鎮，1998年末流域人口216191人，國內生產總值11.6億元。
8、陽宗海湖泊面積31.9平方公裡，平均水深20米，最大水深29.7米，流域面積192 平方公裡，蓄水量6.04億立方米，多年平均水資源量3500萬立方米，1999年陽宗海水質為ⅲ類。湖泊分屬昆明市的宜良縣、呈貢縣和玉溪市的澄江縣。1998年末流域人口56073人，國內生產總值24061萬元。
9、異龍湖是九個湖泊中最小的湖泊，湖泊面積30.63平方公裡,流域面積360.4平方公裡,平均水深2.75米,最大水深6.55米,蓄水量1.13億立方米,1999年異龍湖水質為大於ⅳ類。異龍湖流域包括紅河州石屏縣5個鄉鎮，1998年流域總人口134499人，國內生產總值5.3億元。
雲南省九大高原湖泊分布在滇中、滇南、滇西和滇西北，分屬昆明市、玉溪市、大理州、麗江市和紅河州；其中滇池、程海和瀘沽湖屬長江水系，撫仙湖、杞麓湖、異龍湖、星雲湖和陽宗海屬珠江水系，洱海屬瀾滄江水系。
九大高原湖泊從整體上看具有四大功能：一是支持大都市發展；二是支持農業，特別是現代農業的發展；三是支持旅游業的發展；四是支持特色產品的開發。雲南省九大高原湖泊的四大功能及其湖區經濟在雲南省經濟發展中的戰略地位和作用占有舉足輕重的地位。
雲南省九大高原湖泊流域涉及昆明、大理、玉溪、麗江、紅河五個地（州、市）的17個縣（市、區）；1998年末流域人口384.45萬人，占全省總人口的9.3％，國內生產總值525.1億元，占同期全省國內生產總值的29.4％。