三峽庫區部分支流局部水域富營養化加劇並發生水華，影響區水質有所惡化。
環保總局近日公布與國家發改委聯合制定的《三峽庫區及其上游水污染防治規劃（修訂本）》（下稱《規劃》）首次披露了上述信息。並且，到目前，庫區及其上游三分之二的生態保護項目未能啟動，環境監測能力建設項目尚未實施。
該《規劃》已經國務院同意，並印發湖北、四川、貴州、雲南省和重慶市。《規劃》還承認，由於“基礎數據薄弱，以及對三峽工程建設和運行帶來的生態環境問題及水污染治理的長期性、復雜性、艱巨性估計不足，庫區支流富營養化和水華問題、庫區消落帶問題尚未統籌考慮”。
2001年5月，根據國務院部署，環保總局會同原國家計委等部門編制了《三峽庫區及其上游水污染防治規劃（2001~2010年）》
根據原《規劃》的要求，在2000年基礎上（COD排放量為135.6萬噸，氨氮排放量為11.4萬噸），2005年三峽庫區及其上游COD排放量應控制在102.8萬噸，氨氮排放量控制在8.3萬噸。2005年三峽庫區及其上游COD實際排放量為136.3萬噸，氨氮排放量為11.5萬噸，未完成原《規劃》目標（含2000年的漏報數據）。
根據2001年～2005年水質變化趨勢分析，庫區和上游區水質在保持穩定的前提下有所好轉，但庫區部分支流的局部水域富營養化加劇並發生水華，影響區水質有所惡化。
據介紹，隨著庫區經濟社會快速發展和三峽水庫蓄水位的不斷提高，三峽庫區及其上游的水污染防治工作面臨新的挑戰。
蓄水後庫區干支流流速變緩，造成庫區內污染帶範圍進一步擴大；受流速、溫度和污染物排放等方面的綜合影響，大寧河、神女溪、梅溪河、抱龍河、香溪河、神農溪等多條支流水體富營養程度不斷加重，相繼出現“水華”現像，對當地群眾的飲水安全構成威脅。三峽工程蓄水至175米後，將形成最大落差30米、總面積約300平方公裡的水庫消落帶，可能會引發病原繁殖、泥沙淤積等新的環境問題。
三峽庫區及其上游環境容量有限，同時又是經濟欠發達地區，環境保護與經濟社會發展、人口增長的矛盾將長期存在並日益突出。
《規劃》要求對區域內的造紙、化工、釀造、制藥等行業進行產業優化升級，依法實行強制清潔生產審核。2008年底前，規劃區域內國家水污染重點監控企業實現持證排污，在指定位置安裝自動監控裝置，並與環保部門聯網。
據悉，修訂後規劃項目調整為460個，總投資228.24億元（其中列入原《規劃》的項目52個，投資為76.6億元）。