水體受到污染後，會對人體的健康，工業生產、農作物生產等都會產生許多危害和不良影響。
一、對人體健康的危害
人類是地球生態系統中最高級的消費種群，環境污染對大氣環境、水環境、土壤環境及生態環境的損傷和破壞最終都將以不同途徑危及人類的生存環境和人體健康。各種污染物質通過飲用水、植物和動物性食物、各種工業性食品、醫藥用品及各種不潔的工業品使人體產生病變或損傷。
人喝了被污染的水體或吃了被水體污染的食物，就會對健康帶來危害。如20世紀50年代發生在日本的水俁病事件就是工廠將含汞的廢水排入水俁灣的海水中，汞進入魚體內並產生甲基化作用形成甲基汞，使污染物毒性增加並在魚體中積累形成很高的毒物含量，人類食用這種污染魚類就會引起甲基汞中毒而致玻人類每年向水體排放的工業廢水中含有上萬噸的汞，大部分最終進人海洋，對人類健康產生的潛在的長期危害相當嚴重，因此汞被視為危害最大的毒性重金屬污染物。
飲用水中氟含量過高，會引起牙齒琺斑及色素沉澱，嚴重時會引起牙齒脫落。相反含氟量過低時，會發生齲齒病等。人畜糞便等生物性污染物管理不當也會污染水體，嚴重時會引起細菌性腸道傳染病，如傷寒、霍亂、痢疾等，也會引起某些寄生蟲玻如1882年德國漢堡市由於飲水不潔，導致霍亂流行，死亡7500多人。水體中還含有一些可致癌的物質，農民常常施用了一些除草劑或殺蟲劑，如苯胺、苯並芘和其它多環芳烴等，它們都可進入水體，這些污染物可以在懸浮物、底泥和水生生物體內積累，若長期飲用這樣的水，就可能誘發癌症。據統計水污染引發的癌症死亡率90年代比30年前高出1.45倍。
二、對工業生產的影響
水質受到污染會影響工業產品的產量和質量，造成嚴重的經濟損失。此外,水質污染還會使工業用水的處理費用增加，並可能對設備廠房、下水道等產生腐蝕，也影響到正常的工業生產。
三、對農業、漁業生產的影響
使用污染水來灌溉農田會破壞土壤，影響農作物的生長，造成減產，嚴重時則顆粒無收。1974年，河北農民用薊運河水澆小麥，由於河水中含過量的有害物質，致使近5萬畝小麥枯死。近些年來，由於水體污染使農民告狀的案件有急劇增多的趨勢，問題的嚴重性在於一旦土壤被污染後，就在相當長時間內難以恢復，造成土地資源的浪費。
此外，當水體受到污染後，會直接危及到水生生物的生長和繁殖，造成漁業減產。如黃河的蘭州段原有18個魚種，其中8個魚種現已絕跡。由於水體污染也會使魚的質量下降，據統計每年由於魚的質量問題造成的經濟損失多達300億元。